Не знаю поможет ли Вам, но лично я при описании app.use(express.session) использую соединение mongoose:
var db = require('mongoose').connect('mongodb://user:password@server:port/db');
app.use(express.session({
store: new MongoStore({
mongoose_connection: db.connections[0]
})
}));
У меня при каждом обновлении страницы новая сессия не создается.