Тут надо десктопное приложение делать.
Даже если вы каким-то образом сможете положить всю базу в local storage (5МБ), юзер не сможет работать с local storage в оффлайне.
Либо можно предлагать скачать «оффлайновую копию» сайта, в которой будет статичный html с заинлайненным javascript и вшитой базой в виде json.
Ну надо попрофилировать код, можно xdebug'ом, а можно просто воткнуть $time_start = microtime(true); <кусок кода> $time_end = microtime(true) - $time_start; и посмотреть сколько времени выполнялся каждый кусочек.
P.s. код жесть: WHERE id = ".$_POST['id']." — sql-инъекция
Бэкенд на nodejs, фронтенд на javascript, транспорт через websockets. Если потребуется база данных, возможно есть смысл взять mongodb/couchdb, т.к они хранят данные в json, что удобно, т.к и на фронте и на бэке яваскрипт.
