1. Делать фулл снепшот данных, если там не гигабайты, особенно на стейджинге - дешево и просто
2. Можно перед релизом запоминать результат goose version
и где-то сторить, чтобы при откате сделать goose down-to $DB_VERSION_BEFORE_RELEASE
3. Не сторить, просто делать при откате goose down
, откатит на одну версию назад, все зависит от ваших пайплайнов
4. Поменять движок миграций на более функциональный
UPD: goose тоже хранит историю миграций, вы открывали доку?