Так ли нужно использовать myisam?
Есть и другие движки.
en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_MySQL_database...
Я бы на вашем месте посмотрел в сторону движка csv.
Ну или хотя бы не использовать индексы во время вставки.
Индекс всегда можно добавить после вливания данных.
