Вероятнее всего парсеры внутри джава приложения используют кодировку по умолчанию.
Как вариант решения можно рассмотреть:
- задать переменные user.language, user.country and user.variant
пример:
java -Duser.language=ru -Duser.country=RU -cp ....
- если исходный код доступен, то я бы убрал использование дефолтных кодировок и явно передавал необходимые кодировки.
- ну и как вариант можно смотреть. переменные окружения при поделючениях.