предположу, что проблема не в хибернате, а в транзакшн менеджере. транзакции открываются, но не закрываются. session от hibernate тут не при чем.
я бы посоветовал:
а) определить явные границы транзакций
б) подебажить кто открывает и почему не поппдает в закрытии (коммит или роллбак) транзакции