lex111

Можно попробовать подключать слайдер, когда будет готов DOM, а не как сейчас, когда все ресурсы загружены.
Т.е. грубо говоря поместить вызов слайдера не в $(window).load(), а в$(document).ready()

/bitrix/templates/t54_template/js/custom.js

// Flexsliders
$(window).load(function(){
	// Flexslider index banner
	$('#mainslider').flexslider({
        animation: "slide",
        start: function(slider){
          $('body').removeClass('loading');
        }
   });

Наверное, нужно установить расширение для поддержки синтаксиса SASS https://packagecontrol.io/packages/Sass