В качестве примера можно привести самораспаковывающиеся архивы, которые создают 7-zip и WinRar.
Они работают так: в конце PE файла, после всего, в конце дописывается собственно архив. Программа открывает собственный EXE на чтение и ищет заголовок архива, не заморачиваясь на разбор собственно PE-файла.
