Например, вот так:
<?php
$text = '<?php
include(\'../config.php\');
$var = 1;
$var = \'asd\';
$arr[] = [\'123\',\'asd\'];
?>';
file_put_contents('file.php', $text);
Но я бы заранее писал в какой-то файл PHP код, а потом читал его и записывал. Если нужно менять какую-то информацию, оставлял в файле метки-шаблоны, которые потом можно заменить.
PS: как альтернатива можно записать пользуясь heredoc или nowdoc-синтаксисом
