Без проблем - делаете собственный репозитарий пакетов. Прописывается его настройках на машинах пользователей (/etc/apt, /etc/yum и так далее), и вуаля!
Ну, пользователям еще доверяете ставить и обновлять пакеты.
Делается практически в любом современном дистрибутиве, что на основе debian, что на основе rhel.
Причем, сам так и делаю, ибо около 300 пользователй под линуксами.
