Можно поступать по разному.
Использовать скрипт, с зависимостяти, или просто вставить это в Makefile отдельным таргетом, чтобы можно было вытащить все зависимости.
Или использовать submodules -
https://git-scm.com/book/ru/v1/Инструменты-Git-Подмодули
И перейти с использования CVS и SVN на git или mercurial!
