Отличаются в основном ценой.
Intellij Idea содержит в себе PhpStorm (с помощью плагинов), а PhpStorm содержит в себе WebStorm.
Если вам нужен только PHP, покупать Intellij Idea не лучший вариант, так и цена выше, и подключать нужный функционал плагинами не так удобно.
