Однозначно рекомендую lilypond. Из него же и MIDI и PDF можно получить. Да и вообще lilypond для нот — как TEX для текста, и всё, чего для счастья и автоматизации не хватает можно самому на Scheme прикрутить. Rosegarden. кстати можно использовать как GUI для lilypond, есть и другая, менее навороченная программа под него — Frescobaldi, помимо всего прочего там подсветка синтаксиса очень удобная.