Lam Besis

Поисковые системы определяют поддомен как отдельные сайты. Поэтому если на каждую тему планируется достаточно много статей, то лучше делать поддомены: получается несколько сайтов с разной тематикой, благодаря этому поисковики будут лучше индексировать каждый отдельный поддомен. Это в свою очередь поможет им выдавать ваш сайт пользователям интересующимся именно этой темой. Плюс рекламу можно будет также вешать подходящую по контексту, что увеличит доход.
Если же статей на каждую тему будет мало: например, всего 3-4 штуки на тему, то делать все на одном сайте.

На seo это очень повлияет, самый главный заголовок, у него сильный вес.

Они изменений не увидят, т.е для них будет существовать только «Заголовок 1».
Поисковики индексируют только тот контент которых находится в разметке изначально, так как js создает контент только когда на страницу заходит пользователь. Робот, индексируя страницу, не запустит скрипт, соответственно не узнает что h1 изменился.

Поисковики отделяют понятия полезного контента от функционала (навигации).
Насколько бы много не было знаков в вашем меню, если оно правильно оформлено поисковики это поймут, и очень оценят. Я имею ввиду грамотную структуру, семантичную разметку, прописанные роли (они улучшают доступность сайта для скринридеров, которыми пользуются слабовидящие, данный момент так же поднимет вес сайта).
Поисковики в первую очередь оценивают полезный контент на странице - то, что напрямую интересно пользователю, а наличие навигации оценивается отдельно - как юзабилити сайта. Поэтому если контент на странице действительно полезный и уникальный, вы можете не переживать за его вес, даже если в нем символов меньше чем в меню.
Страницы где вообще ничего нет лучше закрывать от индексации.