Если отменили незакомиченные изменения, то никак.
VS создал репозиторий, он пустой, это его первое начальное состояние, затем добавились туда изменения, затем не зафиксировав изменения, эти изменения отменили. Git знает только зафиксированные состояния, поэтому к ближайшему он и откатился, к пустому проекту.
Вот только случайно не отменишь изменения, надо на кнопку подтверждения нажать.
