В Вашем случае ca.crt это RootCA который надо поместить в хранилище доверенных (корневых) ЦС. hostname1.crt это сертификат сервера. В хранилище доверенных его помещять не надо. Если он будет использоваться на ОС Windows его надо поместить в локальное хранилище сертификатов (машинное) вместе с закрытым ключом.