В каком то из последних обновлений расширения
Python для VS Code они добавили поддержку
Python Language Server, который включает в себя линтер из коробки и не требует его установку в виртуальную среду. Убедись, что у тебя установлены последние версии самого VS Code и расширения.
И да, с чего ты взял, что линтер не работает?
