1. Сложно сказать что лучше. Но можно попробовать сравнить. У нас onPHP со своим ORM. ORM удобен тем, что из сущностей можно автоматически генерировать формы с правилами полей. В результате импорт данных из фронт-енда сводится к импорту в форму, валидацию (можно еще навешать кастомные правила-проверки), заполнение ORM-объекта формой и метода-сохранения. Экспорт объекта в общем-то и так очевиден до безобразия.
Насколько такой механизм проще или сложнее — думайте сами. Но как я понимаю использование подобной технологии вынудит капитально переписывать ядро.
2. Никакие паттерны не подходят? Например Strategy.
3. См. п. 1
Я может ещё не совсем понял, но зачем логгировать именно все действия, особенно если это на уровне БД?
