Начать стоит с ревизии подручного инструментария. Без полноценной IDE (уже даже не знаю, насколько актуален NetBeans, перешёл на PhpStorm) невозможно перейти на качественно новый уровень, когда мозги освобождаются для обдумывания архитектуры.
Прикрутить туда phpcs и phpmd.
Пользоваться зрелым современным фреймворком.
Из почитать есть смысл ознакомиться с тем, что voff рекомендовал.
Я лично ещё советую Robert Martin "Clean code", чтобы пересмотреть взгляд на понятие "качественный код".
