Яндекс не использует магазинные категории для ранжирования товаров в своих категориях, у них ранжирование зависит от названия товара по похожим товарам. Так проще, чем склеивать магазинные категории со своими. Тем более вдруг магазин ванну запихнет в телевизоры ))
Ваши категории из yml используются для фильтрования для назначения ставок для групп товаров.