Вот решение:
_, err := users.UpdateOne(ctx, bson.M{"username": "kotcich"}, bson.D{
{Key: "$set", Value: bson.D{{Key: "status", Value: true}}},
})
На сколько я понял суть ошибки: лучше всегда явно указывать что является ключем, а что значением, дабы новые версии бд при возможной перестановки порядка ключ/значение все еще работали корректно.
