UPD. Иноформация в ответе устарела
НИУ ВШЭ сейчас самый топ: ПИ, ПМИ, Анализ данных.
МФТИ в Мск отличный выбор, правда сейчас там все заняты исключительно научной деятельностью, тем не менее отличные факультеты там есть для программиста: ФИВТ, ФУПМ.
МГУ только ВМК могу посоветовать. Есть несколько знакомых и друзей, и они вполне хорошо себя чувствуют и работают.
МИФИ если только на безопасность(пока не поздно, т.к. они сокращают факультеты), т.е. это КИБ.
В Бауманку на программную инженерию(но сейчас там не очень хорошо учиться, ухудшилось образование и состав преподавателей уже не тот).
На крайний случай можно посмотреть в сторону МИРЭА(сейчас МТУ). Это кибернетика или информационные технологии. В основном пытался указывать факультеты, которые не требуют физики или химии для поступления.
Приоритетность сверху вниз.
UPD: Написал статью, где более менее описал текущую ситуацию
*статья на хабре* 
