Для большинства сайтов Disqus-комментарии — индексируются. Проверить на вашем сайте можно поиском по точному соответствию (фрагмент какого-то оригинального комментария возьмите в "кавычки" и поищите этот текст в Яндексе, на первом месте должна оказаться страница вашего сайта с искомым комментарием).