kostik

angular
  .module('app', [])
  .directive('myDirective', function() {
    return {
      restrict: 'A',
      scope: {},
      link: function(scope, el) {
        var childItems = el[0].querySelectorAll('.item');
        childItems = Array.prototype.slice.call(childItems);

        childItems.forEach(function(node) {
          console.log(node);
        });
      },
      transclude: true,
      template: '<div class="directive-div" ng-transclude></div>'
    };
  });

Модуль по сути это пространство имен в данном случае именами будут сервисы, директивы, контроллеры и т.д.

Неверно. Например если есть

file1.js

var m1 = angular.module('module1', []);
m1.service('myService', function() {});

file2.js

var m2 = angular.module('module2', []);
m2.service('myService', function() {});

то в зависимости от того, кто будет загружен последним, тот и перепишет определение сервиса с именем myService

Для того, чтобы избежать подобной ситуации нужно добавлять пространство имён в имя сервиса. Т.е.

var m1 = angular.module('module1', []);
m1.service('module1.myService', function() {});

var m2 = angular.module('module2', []);
m2.service('module2.myService', function() {});

----------------------
Ответ по теме:

Технически объявлять что-либо в отдельном модуле имеет смысл только в том случае если это будет использоваться где-то ещё. Т.е. если создаётся библиотека или набор повторно используемых компонентов (сервисов, фильтров, директив и т.д.).
Если же компоненты (сервисы, фильтры, директивы и т.д.) будут использоваться только для данного приложения то не существует причины для того чтобы объявлять компоненты в другом модуле.
Angular.js с версией 1.* не делает различий между одноимёнными компонентами, которые определены в разных модулях.

angular.module('app').directive('rtNumber', [
  function() {
    return {
      restrict: 'A',
      link: function($scope, $el) {
        var wrapper = document.createElement('div');
        wrapper.className = 'wrap';
        
        var el = $el[0];
        el.parentNode.insertBefore(wrapper, el);
        wrapper.appendChild(el);
      }
    };
  }
]);