korvindest

Опишу как сделано в одной из систем, которую я дорабатываю.

Есть две таблицы:
Основная — хранит в наборе полей самую последнюю версию записи.
Таблица коррекций — хранит тот же набор полей + Дату изменения, пользователя(сделавшего изменение), и флаг что запись удалена. В вашем случае во вторую таблицу стоит добавить флаг, что данные подтверждены.

Таким образом в основной таблице вы получаете максимально актуальное состояние записи.
А в таблице истории можете посмотреть, какое поле и на что было изменено в какой момент. При этом для каждой версии записи можно выяснить было ли подтверждение.

Со всем уважением к вам хочу отметить, что задача мерджа, даже просто текстовых файлов, далеко не всегда возможна в автоматическом режиме. То что хотите автоматически проделать вы, на порядок сложнее, поэтому хотите вы или нет, но потрудиться головой и руками скорее всего придется.

Могу только посоветовать пути к решению этой проблемы.
1. Раз база настолько большая, к ней должна существовать схема. Сравнив различия двух схем можно написать SQL скрипты, которые смерджат данные. Если схемы БД не существовало, то очень рекомендую ее сделать.

2. Можно попробовать чуть более извращенный вариант, работоспособность которого я не гарантирую. При помощи менеджера базы (любого, хоть phpMyAdmin) вылить структуру и данные в файлы. И мерджить как обычные текстовые файлы. Но откровенно говоря при больших объемах я бы от этой задачи сошел с ума.

Удачи!