Либо у Proxy на Mikrotik прописать ParentProxy, находящийся на другом конце vpn.
Либо выборочные сайты(их айпи адреса) маршрутизировать в vpn канал.
Либо Mikrotik слушает какой либо порт и перенаправляет его на айпи машины на другом конце vpn канала, где так же можно поставить проксю. Что чуть лучше первого варианта.
Еще есть вариант, создать правило в nat, сделать перенаправление в туннель с условием по CONTENT, указать имя хоста. Но это в теории, практику надо проверять.