У вас всё устанавливается в /root, так как вы делаете установку от имени пользователя root. Лучше устанавливать всё через sudo из-под аккаунта обычного пользователя.
Тогда всё ставится в "хомяк" этого пользователя.
Что касается passenger, то при его установке есть возможность задать каталог размещения (если не хотите менять права на каталог с модулем).
Посмотрите официальную документацию по установке Passenger -
www.modrails.com/documentation/Users%20guide%20Apa...
Рекомендую ставить ruby через RVM -
https://rvm.io/rvm/install 
