Хорошей практикой считается задание размера SWAP так, чтобы он превышал размер оперативной памяти в два раза. Если у вас 512Мб ОЗУ, то своп лучше сделать 1024Мб.
На SSD дисках я сталкивался с тем, что своп в несколько гигабайт заполнялся очень быстро, что правда не приводило к зависаниям, но заставляло систему "дико тупить". Тут сколько свопа не дай, всё схавает.
Нужно разбираться с первопричиной - смотреть конфигурацию MySQL.