Редактируя исходники, вы лишаетесь возможности перехода от версии к версии, например от 3.0 к 3.1. А если просто переписываете классы, то сносите старую папку и вставляете новую. А тема ваша так и остается.
А вообще берите сорцы бутстрапа, а именно все less файлы, рядом кладите файл, где переназначаете все значения переменных, и потом компилируете их в css. Я пользуюсь winless например.