Зависит от скрипта импорта. В MySQL есть "отложенная запись" (низкоприоритетная). Оно в память себе затащило то что нужно записать (видимо, там построчно выполняется запись), а записывает "как успевает". Но 2 миллиона строк - это очень мало. Должно было отработать очень быстро, если логика не извращённая или система не меленная.
Заливать большие объёмы надо "пачками".
