Dmitry Demin

npm update --save

Проблема была решена путём копирования из dependencies используемого модуля некоторые модули в свой dependencies.

Было:
package.json

{
  "dependencies": {
    "js-yaml": "^3.3.1",
    "yards-cli": "0.1.5"
  }
}

node_modules/module_name/package.json

{
  "dependencies": {
    "тяжелый-модуль-с-длинными-именами": "0.0.7"
  }
}

Стало:
package.json

{
  "dependencies": {
    "js-yaml": "^3.3.1",
    "yards-cli": "0.1.5",
    "тяжелый-модуль-с-длинными-именами": "0.0.7"
  }
}

node_modules/module_name/package.json

{
  "dependencies": {
    "тяжелый-модуль-с-длинными-именами": "0.0.7"
  }
}

Путём наблюдения было выяснено, что если некоторые модули из вашего dependencies и dependencies используемого модуля совпадают по имени и версии, то npm понимает, что нет смысла дважды устанавливать его т.к. используемый вами модуль сможет без проблем использовать перенесенный модуль следующим путем:
require('module_name');

Использовать осторожно: некоторые модули могут использовать файлы используемых модулей некорректно:

require('./node_modules/module_name/path/to/file.js');

Хотя, по факту, следующий код будет эквивалентным и более работоспособным в сложившейся ситуации:
require('module_name/path/to/file.js');

Как верно подметил ruddy22 в production версию продукта попадают не все модули, использующиеся при разработке. К примеру, если вы хотите минифицировать модуль, то, скорее всего будете использовать уже готовые продукты, которые в его использовании не пригодятся.

Если совсем коротко, то модули из devDependencies не будут установлены в production. Вот и всё.