Вы можете использовать лицензируемое по лицензии GPL ПО в любых целях, в том числе класть в свой дистрибутив. Но при этом вы должны предоставить исходные коды этого ПО у себя на сайте, либо выдавать по запросу. Поскольку статически с GPL-кодом ничего не линкуется, лицензия распространяется только на библиотеки cygwin и, соответственно, lighttpd.
В общем, используйте смело, ничего вам не будет.