Переустанавливается, да (но только исполняемый код и ресурсы). Все данные, которые были сохранены приложением (базы данных, SharedPreferences) остаются и это правильно (юзеры бы сильно негодовали, если фото-приложение при каждом обновлении уничтожало все их фоточки).