В Yii каждый модуль - это практически самостоятельная единица. Она содержит набор контроллеров, моделей, представлений, компонентов для своей работы и не зависит от других модулей. Если модуль в проекте один - то обычно контроллеры, модели, представления не помещаются в папку moduls а находятся в папке application. Фактически по структуре каждый модуль такой же как и application.