Если Pro-функционал может быть разблокирован тем же InApp-ом, то однозначно в обеих версиях должен быть код и для Lite, и для Pro. Поэтому отключение Pro функционала по ключу, доступному после разблокировки - самый простой вариант. В качестве заглушки для Lite-пользователя имеет смысл показывать отдельный экран списка всех заблокированных возможностей, объяснения "что вы тоже есть хотите" и т.п. с большой кнопкой "Разблокировать".