Андрей

Тут нужна разумная нормализация. Как писали выше, одна сущность - один документ. Но не забываем при этом, что излишнее дублирование информации (вроде автора) не есть хорошо. Ибо, если у автора что-то изменится, надо будет перелопачивать все документы с этим автором.

Прелесть schemaless именно в отсутствии схемы. То есть вы можете разным сущностям придать разные атрибуты, при этом держать все в одной коллекции и индексировать все эти атрибуты. Если же структура предполагается более регулярной, если схема будет присутствовать - то стоит обратиться к хранилищам со схемой.

Нода тут вас никак не спасёт, потому что узкое место у вас в БД.
Монга только отсрочит неминуемое.
А неминуемое состоит в том, чтобы перейти на очереди.
То есть, как бы сделал я - на машине, которая собирает статистику (принимает запросы от сайтов), все данные пишутся в очередь. Можно использовать RabbitMQ например. И больше эта машина ничем не занимается.
Вторая машина достает из очереди данные и кладет их в БД, делая дополнительно какую-то обработку этих данных.
При этом как первых, так и вторых машин у вас может быть несколько. А можно всё это запустить и на одной. В любом случае, работать это будет быстрее, а записывать в БД будет не 100 потоков, а один, предварительно консолидируя данные.