1. Как Вы считаете, почему vue.js.org не сделали как SPA? Это же просто контетный сайт.
Тут скорее надо задавать вопрос "зачем его делать SPA?" В расшифровке этой аббревиатуры уже есть ответ.
"2. Говорят, что SPA не стоит использовать в интернет-магазинах.
Почему, если можно рендерить на сервере и индексация, по-идее, не должна страдать."
Для этого бэкенд должен быть на js (на сколько я знаю, другого решения без костылей ещё нет). А это не лучший вариант и не всем подходит.
"2. В каких реально случаях стоит делать SPA, каких не стоит?"
Когда нужен интерактив c динамически меняющимся контентом на странице (для чего, собственно, эта технология и была придумана).