В любом случае нужно начинать с просмотра error-логов nginx. Важно, чтобы на каждый virtualhost был свой лог.
Возможно, что ошибка access denied спровоцирована не nginx'ом, а php - тогда в error-логе вы ничего не увидите, а в access-логе будет 403 - тогда надо копать глубже, в php.