Внесите версию в имя файла.
Обратите внимание, в jQuery CDN, например, все имена файлов содержат версию. И кеширование у них на десять лет. Кстати, можете использовать CDN - это во-первых снимает с вас заботу о кешировании, во-вторых, потенциально ускоряет загрузку для клиента, т.к. у него мог остаться кеш jquery из CDN благодаря другому сайту.
С локальными скриптами можно поступить так: в приложении храните глобальную "версию скриптов", которая увеличивается при каждом коммите (или релизе), и все локальные скрипты грузите с адресов вида script.js?version=xxx. При импортировании передавайте version.
P.S.: я не специалист по фронтенду.