А какой второй .cer-файл получился, не ca.cer ли, случаем? CER легко конвертируется в CRT:
stackoverflow.com/a/5478901
Скажем, для использования wget с аутентификацией по ключу требуется следующее:
* CA-сертификат для валидации сертификата сервера (обычно ca.crt);
* client.crt - клиентский сертификат (открытый ключ);
* client.pem (.key) - клиентский закрытый ключ
