Самый быстрый способ - поменять права по ssh.
Для папок 755:
find . -type d -print -exec chmod 755 {} \;
для файлов 644:
find . -type f -print -exec chmod 644 {} \;
FTP клиенты тоже умеют это делать - filezilla например, но это будет намного дольше.
Насколько я помню, по-умолчанию выставляются права папки, в которую ты распаковываешь.