На случай, если кто то столкнётся стакой проблемой, я долго читал официальные мануалы и смог понять в чём косяк. Конструктор необходимо наследовать тоже. Примерно вот так:
MainWindow(BaseObjectType* cobject, const Glib::RefPtr<Gtk::Builder>& refGlade) : Gtk::Window(cobject);
После этого всё завелось! :)