jcmvbkbc

--build - платформа где будут собираться исходники какой либо программы
--host - указываем где будет запускаться скомпиленная программа
--target - а это как я понимаю используется чтобы указать где будет собираться сам GCC?

Применительно к тулчейну
- build -- это машина, на которой ты строишь тулчейн. В твоём случае configure сам определит.
- host -- это машина на которой тулчейн будет выполняться. В твоём случае это то же самое, что build. Можно не указывать.
- target -- это машина, под которую тулчейн будет генерировать код.

Я их собрал с опцией (это верно в моем случае?):
HOST=x86_64-pc-nto-qnx6.5.0

Похоже на правду.

Но не просто собрать, а собрать так, чтобы собранный компилятор компилировал исходники под QNX.

Для этого тебе нужно понять, чем код, сгенерированный под QNX отличается от кода под ту же процессорную архитектуру, но под другую ОС.