jcmvbkbc

Почему возникает проблемы при закрытие файла

Почему ты решил, что при закрытии? Сообщение явно приходит из реализации fwrite.

Ошибка вызвана тем, что в функцию fwrite передаётся NULL в качестве указателя на FILE. Для предотвращения этой ошибки нужно проверять, что файл был успешно открыт перед тем как читать из него или писать в него.

мне надо в цикле на каждой итерации запрашивать ввод строки.
cin » s1
позволяет это сделать, а
scanf("%255[^\n]", s1)
только 1 раз.

А вот такой scanf -- позволяет это сделать сколько угодно раз:
scanf("%255[^\n]\n", s1);
А вот такой позволяет ввести строку заранее неизвестной длины:

char *p;
scanf("%m[^\n]\n", &p);

прописал его в кроне
* * * * * root

В /etc/crontab? Только в нём нужно указывать пользователя, в пользовательских crontab этого поля нет.

файл остаётся пустым, скрипт 100% отрабатывает

Вот прямо 100%? А что видно в /var/log/syslog?