jcmvbkbc

//костыли для ожидания окончания работы процессов, чтобы не возиться с мьютексами и семафорами

Достаточно вызвать pthread_join для каждого из запущенных потоков.

fclose(f); //после того, как прочитали закрываем программу

Должно быть pclose(f).

id--; //минусуем счётчик потока

Зря вы так, грязными руками в общую переменную.

Из чего можно заключить: потоки и программы выполняются ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНО

Non sequitur. Но для полноты картины хотелось бы увидеть Makefile.