jaxel

У вас валидатор UniqueEntity сразу на два поля указан. Он проверяет уникальность комбинации "username" и "phone". Вам нужно разделить их на два отдельных валидатора, а не указывать оба поля в одном.

Если вы сделаете через перечисление id, как вы собираетесь делать поиск по пользователям с определённым навыком?

У вас стандартная связь "многие ко многим". Делать её надо через таблицу связи. Все описанные вами проблемы для таблицы связи - надуманные. Громоздкой эта таблица не окажется. Там два столбца, таблица легко переварит много миллионов записей. И выборки будут быстрее парсинга по столбцу в тысячи раз.