Как вариант — подойдет, но лушче делать не раз в сутки, а чаще, например, раз в час. Запись в критичные таблицы лучше лочить на уровне какого-то адаптера, делать проверку скриптом на поломанность, в случае чего — чинить, а потом открывать лок.
А вообще — стоит хотя бы попробовать найти причину поломки таблиц. Может где-то на форумах найдете описание похожих проблем. Как вариант — попробуйте обновить версию СУБД, может это баг и он уже исправлен.
