При прокрутке страницы сайта (событие scroll) проверять текущую позицию ползунка. Если страница прокручена более, чем на 100px, присваивать контейнеру меню необходимый Bootstrap-класс, если менее -- удалять соответствующий класс.
Учесть: при фиксации меню необходимо создавать на его прежнем месте в теле страницы блок, по размерам совпадающий с меню. Это позволит избежать скачка при удалении меню из привычного потока элементов на странице.
Если не привязываться к Bootstrap, есть плагины, которые позволяют фиксировать меню при прокрутке. Поищите.