Не хватает нормальной продуманной и понятной внутренней архитектуры. Большая часть CMS не имеет идеологии либо эта идеология конфликтует или перекручивает общепонятные по дефолту термины. Старт работы с такой CMS для программиста нереально тяжелый. Нужно облегчить «вход в работу новых программистов».
А вообще, не хватает хороших движков (core engine) в CMS. Имхо, все что ни сделано и куда не глянь — везде чуть-ли не зоопарк аля WinAPI.
