Попробуйте сначала сформировать файл с данными, необходимыми для вставки, а затем вызвать
LOAD DATA INFILE. Это очень быстрый способ залить большое количество данных в таблицу MySQL. С другой стороны возможно стоит использовать другое хранилище, или вынести эту операцию из пользовательского запроса в асинхронную очередь.
